Bölge sanayinin en önemli sorunu, hızlı bir gelişim göstermesine karşın sanayi tesislerinin kurulacağı alanların yetersiz olmasıdır. Sanayi, hızla gelişen ve kendini yenileyen bir sektördür. Bir sanayi kuruluşunda büyüme ve gelişme olmazsa rekabet gücü azalır, zaman içerisinde yok olur. Dolayısıyla sanayici sanayi tesis alanlarını ve eklentilerini zamanla genişletmek zorundadır. Buna karşın Gemlik’te sanayi tesisleri için ayrılan alanlar sınırlıdır. Bu sınırlılığın nedeni Gemlik’te yerleşim merkezlerinin sanayi için kullanılabilecek alanlarda kurulmuş olmasıdır. Sanayi ve üretim sektöründe nitelikli eleman büyük önem taşımaktadır. Sanayi kuruluşu yetkilileri nitelikli eleman bulmakta zorlandıklarını vurgulamıştır. Bölgede yaşanan bu sorunun temelinde son yıllarda mesleki ve teknik eğitim veren eğitim kuruluşlarının öğrenci sayısının azalması önemli bir etkendir.
Sanayi sektöründe gözlemlenen diğer bir problem çalışanların karşılaştıkları sorunlardır. Sanayi sektöründe çalışan kişiler ücretlerin kendilerinin tatmin etmediğini ifade etmektedir. Düşük ücretle çalıştıklarını ve emeklerinin karşılığını tam anlamıyla alamadıklarını düşünmektedirler. Kendilerini güvence altında hissetmemeleri, çalıştıkları kurumlarda gelecek görmemeleri, çalışanların çalıştıkları işte motive olmamalarına ve kısa sürede iş değiştirmelerine neden olmaktadır. Çalışan profilinde karşılaşılan bu sorun sanayideki iş performansının düşmesine, ürün kalitesinin azalmasına neden olmaktadır.
Son yıllarda küresel ekonomik sorunların etkisiyle daralan pazar hacmi, işçi ücretlerinin düşük olmasına neden olmaktadır. Ayrıca düşük ücret araştırma sahasında yapılan anket uygulamalarında işçilerin belirttiği en büyük sıkıntılardan biri olarak göze çarpmaktadır. Ayrıca işçilerin belirttiği diğer bir husus da fabrikalarda yönetici değişimlerine paralel olarak işçilerin çıkarılmaları ve yerine yeni gelen yöneticinin memleketinden işçi getirmesi sanayi tesislerinde karşılaşılan problemlerdendir.
Gemlik Serbest Bölgesi ticaret hacmi açısından Türkiye’nin büyük serbest bölgelerinden biri olmasına karşılık serbest bölgede birtakım altyapı problemleri bulunmaktadır. Örneğin depolama antrepo sisteminin serbest bölgede faaliyet gösteren firmaların ihtiyaca cevap verebilecek nitelikte değildir. Öte yandan serbest bölgede de ciddi bir alan sorunu bulunmaktadır. Faaliyet gösteren firmalar üretim alanlarını genişletmek istemektedirler ancak serbest bölge, içinde faaliyet gösteren kuruluşların büyüme talebine cevap verebilecek yeterli alana sahip bulunmamaktadır. Serbest bölgenin kısa süre içerisinde genişletilmesi gerekmektedir. Buna yönelik olarak serbest bölgenin yakınında bulunan İslamköy ve askeri veteriner okulunun farklı bir yere taşınması ve bu arazilerin kamulaştırma yoluyla serbest sanayi bölgesine dâhil edilmesi gerekmektedir.
Araştırma sahasındaki küçük ve orta ölçekli işletmeler, zeytin ve zeytine bağlı üretim işletmeleri ile tomruk kereste işleme atölyeleridir. Bu işletmelerin genellikle aile işletmesi şeklinde olması, sermaye kapasitelerinin düşük olması ve kurumsal bir yapıya sahip olmamaları ilçedeki modern ve büyüyen sanayi tesisleri ile rekabet edememelerine neden olmaktadır. İlgili sektördeki büyük sanayi işletmelerinin gücü ve tekeli benzer alanlarda faaliyet gösteren küçük ve orta ölçekli bu işletmelerin gelişmesine engel olmaktadır.
Yerel yönetimlerin araştırma sahasında sanayinin gelişimleri ile ilgili olarak bir master planı bulunmamaktadır. Sanayi plansız bir şekilde gelişmektedir. Küçük ve orta ölçekli işletmeler şehir merkezi ve Yalova yolu üzerinde, tarıma elverişli arazilerin üzerinde yoğunlaşırken büyük işletmeler ise denize yakın yerlerde gelişi güzel bir şekilde tesisleşmişlerdir.
